Kitcorpuz
- Cum instalez cea mai recentă versiune de Gromacs?
- Cum descarc și instalez Gromacs?
- Cum instalez Gromacs pe Windows 10?
- Cum rulez Gromacs în Linux?
- Care este cea mai recentă versiune a Gromacs?
- Cum verific versiunea Gromacs?
- Cum instalez Gromacs?
- Cum descarc și instalez Cmake?
- Cum instalez Gromacs cu suport GPU?
- Cum descarc Gromacs în Linux?
- Cum utilizați Gromacs?
- Cum dezinstalați Gromacs Linux?
Cum instalez cea mai recentă versiune de Gromacs?
Alternativ, puteți descărca și despacheta suita de test de regresie GROMACS https: // ftp.gromaci.org / regressiontests / regressiontests-2021.2.gudron.gz tarball singur și utilizați opțiunea avansată cmake REGRESSIONTEST_PATH pentru a specifica calea către tarballul despachetat, care va fi apoi utilizat pentru testare.
Cum descarc și instalez Gromacs?
Alternativ, puteți descărca și despacheta suita de test de regresie GROMACS http: // gerrit.gromaci.org / download / regressiontests-2020.gudron.gz tarball singur și utilizați opțiunea avansată cmake REGRESSIONTEST_PATH pentru a specifica calea către tarballul despachetat, care va fi apoi utilizat pentru testare.
Cum instalez Gromacs pe Windows 10?
Procedură
- Descărcați codul sursă GROMACS și dezarhivați undeva.
- Rulați CMake GUI.
- Setați directorul codului sursă în „Unde este codul sursă” ...
- Setați o locație diferită pentru a pune GROMACS-urile construite în „Unde să construiți binare” ...
- Faceți clic pe Configurare. ...
- Configurarea se va opri deoarece nu poate găsi FFTW.
Cum rulez Gromacs în Linux?
Rulați fișierul de intrare (.
Următorul pas este de a combina structura moleculară (fișier gro), topologie (fișier superior) parametrii MD (fișier mdp) și (opțional) fișierul index (ndx) pentru a genera un fișier de intrare executat (extensie tpr). Acest fișier conține toate informațiile necesare pentru a începe o simulare cu GROMACS.
Care este cea mai recentă versiune a Gromacs?
GROMACS
| Dezvoltatori | Universitatea din Groningen Institutul Regal de Tehnologie Universitatea Uppsala |
|---|---|
| Versiune stabila | 2021.2/5 mai 2021 |
| Repertoriu | gitlab.com / gromacs / gromacs.git |
| Scris in | C ++, C, CUDA, OpenCL, SYCL |
| Sistem de operare | Linux, macOS, Windows, orice alt soi Unix |
Cum verific versiunea Gromacs?
Doar tastați „pdb2gmx” în terminal, veți cunoaște toate informațiile necesare.
Cum instalez Gromacs?
Alternativ, puteți descărca și despacheta suita de test de regresie GROMACS http: // gerrit.gromaci.org / download / regressiontests-5.1.4.gudron.gz tarball singur și utilizați opțiunea avansată cmake REGRESSIONTEST_PATH pentru a specifica calea către tarballul despachetat, care va fi apoi utilizat pentru testare.
Cum descarc și instalez Cmake?
II- Instalarea CMake
Descărcați Windows (programul de instalare WIN32). Veți obține un fișier numit cmake-version-win32-x86.exe. Rulați-l și urmați procesul de instalare. Asigurați-vă că selectați Adăugați CMake la opțiunea PATH a sistemului.
Cum instalez Gromacs cu suport GPU?
Descărcarea setului de instrumente CUDA
Acum selectați cea mai recentă versiune a setului de instrumente CUDA în funcție de sistemul dvs. de aici. Descărcați fișierul de rulare local utilizând următoarea comandă. Fișierul rulat conține fiecare componentă esențială care trebuie instalată. Treceți la directorul de unde doriți să descărcați programul de instalare.
Cum descarc Gromacs în Linux?
- Noțiuni de bază. Dacă ați instalat Ubuntu proaspăt, nu uitați să actualizați informațiile despre depozit și pachetele software din sistemul dvs. ...
- Instalare. Primul pas în instalarea Gromacs este să obțineți cmake, în terminal, tastați: sudo apt-get install cmake. ...
- Metodă ușoară. ...
- Instalare regulată.
Cum utilizați Gromacs?
Instrumentul de configurare inițială GROMACS folosește intrarea PDB pentru a crea trei fișiere care vor fi necesare pentru simularea MD.
...
Înființat
- creați un fișier „topologie”.
- convertiți o structură de proteină PDB într-un fișier GRO, cu structura centrată într-o cutie de simulare (celulă unitate)
- creați un fișier de restricționare a poziției.
Cum dezinstalați Gromacs Linux?
Pentru dezinstalarea acestui pachet, puteți utiliza cu ușurință comanda apt și puteți elimina pachetul din sistemul de operare Linux. Aceasta va elimina gromac-urile și toate pachetele sale dependente, care nu mai sunt necesare în sistem. Comanda de mai sus va elimina toate fișierele de configurare și datele asociate pachetului gromacs.
